MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Campylobacter jejuni subsp. jejuni S3 plasmid pTet

Total Repeats: 308

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017282	TTGT	2	8	10	17	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017282	TGT	2	6	37	42	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017282	ATT	2	6	109	114	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017282	TCT	2	6	134	139	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017282	T	7	7	145	151	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017282	CTT	2	6	153	158	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017282	TGCTT	2	10	161	170	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017282	ATCT	2	8	240	247	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
9	NC_017282	TCT	2	6	269	274	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_017282	CTT	2	6	348	353	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_017282	A	7	7	401	407	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017282	TTG	2	6	417	422	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017282	CTT	2	6	447	452	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_017282	T	7	7	488	494	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017282	TTTG	2	8	508	515	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017282	TCT	2	6	524	529	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_017282	T	6	6	538	543	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017282	CTT	2	6	567	572	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017282	TCA	2	6	584	589	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_017282	CTA	2	6	621	626	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_017282	T	7	7	644	650	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017282	T	6	6	694	699	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017282	TTC	2	6	702	707	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017282	TCA	2	6	749	754	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_017282	ATT	2	6	781	786	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017282	AAT	2	6	795	800	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017282	ACTT	2	8	813	820	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_017282	TAA	2	6	869	874	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017282	CAT	2	6	963	968	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_017282	ATT	2	6	1036	1041	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017282	T	6	6	1095	1100	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017282	TCA	2	6	1106	1111	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_017282	T	6	6	1174	1179	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017282	A	6	6	1180	1185	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017282	ATA	2	6	1187	1192	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017282	GTA	2	6	1196	1201	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017282	T	6	6	1219	1224	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017282	ATT	2	6	1231	1236	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017282	TA	3	6	1276	1281	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017282	A	6	6	1310	1315	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017282	TAC	2	6	1324	1329	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_017282	AGC	2	6	1333	1338	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017282	TCT	2	6	1346	1351	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017282	AAT	2	6	1380	1385	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017282	TTA	2	6	1400	1405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017282	GTA	2	6	1409	1414	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017282	T	7	7	1433	1439	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017282	AAAT	2	8	1483	1490	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017282	TAT	2	6	1506	1511	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017282	AT	3	6	1542	1547	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017282	T	6	6	1601	1606	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017282	A	6	6	1616	1621	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017282	CAT	2	6	1665	1670	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_017282	ATA	2	6	1712	1717	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017282	TAA	2	6	1788	1793	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017282	TGA	2	6	1826	1831	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017282	ATTT	2	8	1866	1873	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017282	TCTTGT	2	12	1880	1891	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_017282	GTAGC	2	10	1895	1904	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017282	T	7	7	1949	1955	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017282	ATCT	2	8	1959	1966	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_017282	AGAT	2	8	1979	1986	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017282	TCA	2	6	1988	1993	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017282	CTT	3	9	2030	2038	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017282	CAT	2	6	2046	2051	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017282	TTG	2	6	2055	2060	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017282	TTG	2	6	2077	2082	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017282	CTT	2	6	2090	2095	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_017282	GCA	2	6	2096	2101	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_017282	TCA	3	9	2117	2125	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017282	ATTG	2	8	2171	2178	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017282	ATTT	2	8	2181	2188	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017282	TC	3	6	2227	2232	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_017282	CTT	2	6	2243	2248	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_017282	TTTGTG	2	12	2273	2284	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017282	TC	3	6	2352	2357	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_017282	TAT	2	6	2361	2366	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017282	TGA	2	6	2413	2418	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017282	GTTC	2	8	2426	2433	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_017282	TTG	2	6	2476	2481	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017282	TCT	2	6	2489	2494	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017282	T	7	7	2574	2580	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017282	T	6	6	2607	2612	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017282	A	7	7	3463	3469	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017282	T	6	6	3472	3477	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017282	TA	3	6	3495	3500	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017282	TAA	2	6	3512	3517	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017282	TAA	2	6	4887	4892	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017282	T	6	6	4925	4930	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017282	A	6	6	4956	4961	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017282	GA	4	8	4991	4998	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017282	A	6	6	5068	5073	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017282	TAT	2	6	5079	5084	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017282	A	6	6	5133	5138	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017282	T	6	6	5224	5229	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017282	T	9	9	5236	5244	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017282	CTC	2	6	5260	5265	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_017282	TA	4	8	5284	5291	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017282	TA	3	6	5294	5299	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017282	ATT	2	6	5302	5307	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017282	ATTAAA	2	12	5309	5320	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017282	ATTA	2	8	5325	5332	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017282	AT	4	8	5333	5340	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017282	TTA	2	6	5347	5352	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017282	TTA	2	6	5364	5369	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017282	TAG	2	6	5376	5381	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017282	TTC	2	6	6240	6245	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_017282	CTTTC	2	10	6267	6276	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
109	NC_017282	ACCC	2	8	6380	6387	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
110	NC_017282	T	8	8	6396	6403	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017282	GAT	2	6	6446	6451	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017282	A	6	6	8657	8662	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017282	A	6	6	8787	8792	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017282	TTTA	2	8	8856	8863	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017282	TTA	2	6	8883	8888	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017282	CCT	2	6	10617	10622	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
117	NC_017282	A	6	6	10626	10631	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017282	ATT	2	6	10672	10677	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017282	TATTAA	2	12	10678	10689	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017282	AAAT	2	8	10693	10700	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017282	TTA	2	6	10707	10712	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017282	TAA	2	6	13598	13603	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017282	ATA	3	9	13604	13612	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017282	T	7	7	14278	14284	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017282	T	6	6	14302	14307	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017282	T	6	6	14309	14314	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017282	T	8	8	14318	14325	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017282	TA	3	6	14327	14332	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017282	TAT	2	6	29032	29037	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017282	A	7	7	29043	29049	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017282	TAATT	2	10	29050	29059	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017282	TTTGT	2	10	29060	29069	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017282	ATT	2	6	29082	29087	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017282	TTTA	2	8	29096	29103	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017282	T	6	6	29115	29120	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017282	TTA	2	6	29129	29134	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017282	AATT	2	8	29492	29499	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017282	A	6	6	29565	29570	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017282	T	6	6	30492	30497	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017282	A	6	6	30513	30518	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017282	TAA	2	6	30524	30529	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017282	A	6	6	30556	30561	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017282	TA	3	6	30574	30579	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017282	TA	3	6	30604	30609	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017282	ATCA	2	8	30619	30626	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_017282	ATC	2	6	30683	30688	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_017282	AT	3	6	30696	30701	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017282	TTA	2	6	30711	30716	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017282	TCATTT	2	12	30741	30752	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
150	NC_017282	TTA	2	6	30759	30764	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017282	A	6	6	30767	30772	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017282	TCA	3	9	30774	30782	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_017282	TTTAA	2	10	30843	30852	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_017282	T	8	8	30860	30867	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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299	NC_017282	TA	4	8	42775	42782	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
300	NC_017282	T	7	7	42786	42792	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
301	NC_017282	T	6	6	42797	42802	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
302	NC_017282	T	6	6	42948	42953	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
303	NC_017282	T	6	6	43031	43036	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
304	NC_017282	TAA	2	6	43061	43066	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
305	NC_017282	CAA	2	6	43076	43081	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
306	NC_017282	TTCT	2	8	43096	43103	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
307	NC_017282	T	6	6	43171	43176	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
308	NC_017282	AAAT	2	8	43184	43191	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.